唐招提寺金堂内供奉的三尊佛像，都是日本的国宝。置于正中央的是卢舍那佛坐像，其左右分别是象征东方的药师如来立像，以及象征西方的千手观音立像。值得注意的是，这样的本尊组合充满密教色彩。在华严信仰尚未普及，与正纯密教仍未曾从印度传入中国之前，汉地鲜有卢舍那佛造像。另外，千手观音乃密教六观音之一。尽管该寺乃律宗的总本山，但上述佛像组合明显透露着与密教的微妙关系。
事实上，鉴真与密教思想的关联不仅止于此。唐招提寺金堂的本尊组合，只不过是一个缩小了的立体曼荼罗。当鉴真相继为三大戒坛寺设立戒坛之时，早已就地取材，为日本建构了一个巨型立体曼荼罗。「曼荼罗」是梵语 Mandala 的汉译，它是佛教其中一个支派「密教」所采用的传法工具。密教把难以言尽的佛法视象化，通过曼荼罗中蕴含象征意味的图像，向人展示其宏伟的宇宙观。只要摊开地图，就会发现坐镇鉴真为日本建构的立体曼荼罗中央位置的，是当时的首都奈良的东大寺本尊卢舍那佛坐像。而镇守立体曼荼罗东、西两方的，分别是位于日本列岛东部的栃木县下野药师寺，以及位于日本列岛西部的筑紫（即现今福冈县）观世音寺。在古代，北关东（即现今茨城县、栃木县、群马县）是大和朝廷与土著虾夷人势力对峙的据点。顺带一提，差点当上日本天皇的道镜和尚，正是被贬到下野药师寺担任别当（相当于住持）。至于筑紫则是异域文化流进日本的入口，当时的外交迎宾馆「筑紫馆」（即平安时代的「鸿胪馆」前身）就建于此地。两地均为奈良时代的军事重地。三大戒坛寺的巧妙布局，与唐招提寺金堂的本尊组合一致，这种一致性不可能纯属巧合。
据平安时代《扶桑畧记》，「大唐鉴真和尚，奉为圣武皇帝，（唐）招提寺所创建也。金堂一宇少僧都唐如宝所建立也。安置庐舍那丈六像一躯，唐义静法师造之。经藏一基、……钟楼一基、讲堂一宇、……食堂一宇，安置障子药师净土绘阿弥陀佛像。……羂索堂一宇，安置金色不空羂索菩萨像一軆。」上述记载不仅告诉我们，迄今所见的本尊卢舍那佛坐像于创建时就设置于金堂，而且代表密教的不空羂索菩萨像也被放置在唐招提寺。这进一步显现了密教色彩。
那么，鉴真与密教思想的连结到底有多深呢？若把历史片段并凑在一起，这疑问即可迎刃而解。
盛唐是禅、净、密等各宗派百花齐放、蓬勃发展的时期。深受武则天尊崇的「贤首国师」法藏参与新译的《大方广佛华严经》（简称《华严经》）八十卷，在圣历二年（699年）翻译完成。这是一部讲述觉者（即「佛」）境界及理想生命的经典。当把新译好的《华严经》呈献予武则天时，她心领神会地写下流传至今的「开经偈」。随着华严体系经典普及，加上朝廷对华严信仰的推崇，卢舍那佛渐渐为人所属悉，因而涌现大量描述华严境界的佛教艺术品。
鉴真曾于景龙元年（707年）到东都洛阳游学，翌年转往西京长安受戒。之后，他接受了许多高僧大德的教诲，又学了许多佛教艺术与医学等知识。到了开元二十一年（733年），鉴真自长安返回扬州，继续从事弘传戒律的工作。而鉴真在游学期间，正好见证正纯密教在汉地诞生。
善无畏、金刚智与不空合称「开元三士」，他们掀开了正纯密教传入东土的历史篇章。善无畏在开元四年（716年）抵达长安，并于开元十三年（725年）完成《大毘卢遮那成佛神变加持经》的翻译。而金刚智与不空则在开元八年（720年）至洛阳，并于开元十一年（723年）译出《金刚顶瑜伽中略出念诵经》。这两部正纯密教根本经典，都是以上述译名为「卢舍那佛」、或译为「毘卢遮那佛」、「大日如来」为说法中心。
在当时新兴发展得相对鼎盛的华严与密教思想互融互涉下，催生了许多结合两者的造像。有别于过去供人膜拜的意图，新发展出来的佛菩萨造像的存在意义，在于透过艺术性象征手法，创造供人欣赏以至与其象征的神圣境界冥合（即瑜伽）的艺术空间。在彼邦仰慕中国文化的日本圣武天皇，就是在这样的佛教艺术发展背景下，于天平十五年（743年）下诏铸造东大寺大佛。这尊金铜制卢舍那佛坐像在鉴真成功东渡前一年（即752年）铸成，由天竺僧人菩提僊那主持大佛开眼仪式。
当正纯密教在汉地发展得如火如荼的最初十七年，鉴真恰好处身洛阳、长安这两个历史交汇点。以他的好学精神，不可能没有接触和了解密教。另外，从《唐大和上东征传》可见，他在第六次东渡时，除了用来传授戒律的经典外，随行还带备《华严经》八十卷，以及「雕白栴檀千手像一躯、绣千手像一铺、救［苦］观世音像一铺、药师、弥陀、弥勒菩萨瑞像各一躯」。这些都是充满秘密大乘佛教色彩的艺术品。
毕竟，成熟圆融的思想，不可能不经过酝酿、发酵与沉淀而无端发生。今天从历史发展结果倒推回来看，鉴真无疑是加强了正纯密教传入日本的条件。
